甜瓜枯萎病病菌以菌丝体、厚垣孢子和菌核在土壤中、病残体和未腐熟的肥料中潜伏，在土壤中可存活多年。种子也可带菌。土壤中病菌主要从根茎的伤口及自然孔口（如气孔、水孔等）侵入。甜瓜枯萎病病茎百分之百带菌，种子也带菌。该病以病茎、种子或病残体上的菌丝体和厚垣孢子及菌核在土壤和未腐熟的带菌有机肥中越冬，成为翌年初侵染源。在土壤里病菌从根部伤口或根毛顶端细胞间侵入，后进入维管束，在导管内发育，并通过导管，从病茎扩展到果梗，到达果实，随果实腐烂再扩展到种子上，致种子带菌。生产上播种带菌的种子出苗后即可染病；在维管束中繁殖的大、小分生孢子堵塞导管、分泌毒素，引起寄主中毒，使瓜叶迅速萎蔫。地上部的重复侵染主要通过整枝或绑蔓引起的伤口。枯萎病发病的温度范围为8-34℃，以24-28℃发病最重。病害的发生与土壤性质、灌水、施肥等措施有密切关系。连作及土壤偏酸时，病害重。连作年数越长，病害越重。浇水量大、次数多，使田间湿度大或田间积水，也易发病。带菌的种子和土表的病残体是该病主要初侵染源。生长期间病部产生的分生孢子通过风雨传播，进行多次重复再侵染，致田间病害不断扩大蔓延。该菌对温度要求不严格，气温14～36℃、相对湿度高于80%均可发病，田间雨日多、雨量大，相对湿度高于90%易流行或大发生；风雨利于病菌传播，致该病普遍发生；连作地、偏施或重施氮肥及土壤瘠薄，植株抗病力弱发病重。连续天晴、日照时间长，对该病有抑制作用。
