合理的轮作能有效保持和提高土壤肥力。不同作物对土壤养分需求各异，轮作可均衡利用土壤养分，维持土壤肥力和生产力。同时，轮作能改变病虫害的生存环境，打破其生命周期，减少病虫害发生。蔬菜地中的病菌残留问题突出，轮作可缓解或消除这些残留。
在轮作制度中，深耕和翻土能改善土壤结构，增加土壤通气性和保水能力。覆盖作物在非生长季节种植，可保护土壤免受风蚀和水蚀，减少养分流失并抑制杂草生长。此外，轮作可改善土壤微生物群落结构，增加土壤有机质和微生物活性，缓解连作障碍。
蔬菜地长期单一作物种植会导致病菌积累，通过轮作不同科属作物，能破坏病菌的寄主环境，减少其存活和繁殖机会。轮作不仅是土地利用的有效方式，更是维持和提升土壤健康和作物产量的重要手段。