芹菜叶柄开裂症状主要表现为茎基部连同叶柄同时裂开。开裂的原因一是缺硼引起的；二是在低温、干旱条件下，生长受阻所致。此外，突发性高温、高湿，植株吸水过多，造成组织快速充水，也会造成开裂。
芹菜早疫病症状表现为叶片发病，初为水渍状黄褐色斑点，后逐步发展为褐色或暗褐色的病斑，严重时造成叶片枯死；茎及叶柄发病，初为水浸状条纹，后呈椭圆形、灰褐色、稍凹陷的病斑。
芹菜斑枯病在保护地栽培中，在发病前或初期，可用45%百菌清烟剂，每667平方米用量200~250克，隔5天左右熏一次，连熏2~3次。药剂防治可用50%异菌脲可湿性粉剂800倍液，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1000倍液，或25%嘧菌酯阿米西达悬浮剂2500倍液喷雾防治。
芹菜黑斑病在发病前或初期喷洒50%扑海因可湿性粉剂1500倍液、58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液、80%大生可湿性粉剂800倍液、40%灭菌丹可湿性粉剂400倍液。或发病初期喷施64%杀毒矾可湿性粉剂400～500倍液,加新高脂膜800倍液防治，隔7～10天1次，连喷2～3次。棚室可使用45%的百菌清烟熏剂，每亩每次250克，喷施新高脂膜800倍液巩固防治效果，9～11天熏1次，连续2～3次。
芹菜叶斑病在发病初期开始喷药，每隔7～10天喷1次，连续喷2～3次。药剂可选用75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂800倍液。另外，保护地区在发病初期可用25%一熏灵烟熏剂进行闷棚熏蒸或喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩每次用药1千克。
芹菜早疫病药剂防治选用50甲基托布津悬浮剂500倍液；或50%多菌灵可湿性粉剂500∼800倍液；或60﹪防霉宝超微可湿性粉剂800倍液；或30﹪氧氯化铜悬浮剂800倍液；或30%绿得保悬浮剂400倍液；或40﹪多·硫悬浮剂500∼600倍液；或50﹪硫磺悬浮剂250∼300倍液；或64﹪杀毒矾可湿性粉剂500倍液；或65﹪代森锌可湿性粉剂600倍液；或75﹪百菌清可湿性粉剂600倍液；或50﹪混杀硫悬浮剂500倍液；或77﹪可杀得可湿性粉剂500倍液；或14﹪络氨铜水剂300倍液；或1:1:200波尔多液喷施防治。
芹菜菌核病如发现病株应及时清除，并根据植保要求喷施40%菌核净可湿性粉剂1000倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液等针对性药剂防治，同时配合喷施新高脂膜800倍液增强药效，提高药剂有效成分利用率，巩固防治效果。