为了能迅速的防治胡萝卜软腐病，农业人员应及时用药进行防治。在种植胡萝卜时，应进行合理的密植，选择通风良好、阳光充足、土层肥沃的砂质土壤，更有利于胡萝卜的生长发育。
种子处理方面，播种前应进行浸种催芽。方法是将种子在30-35℃的温水中浸泡3-4小时，捞出后用湿毛巾或袋子包好保持水分，在25-30℃的温度下放置3-4天。种子要定期搅拌和清洗，80-90%的种子露白后，可以在湿沙中播种。播种后均匀覆盖一层薄土，覆盖塑料薄膜或用秸秆代替。发芽率高的种子一般用种量300克/亩。
合理轮作也是防治胡萝卜软腐病的重要措施。选择干燥、排水良好的地块种植，实行三年轮作制，用洋葱、大蒜等蔬菜轮作的土地能减少发病率。水旱轮作效果最佳。