西瓜蔓枯病病菌以菌丝体、分生孢子器和子囊座随植物病残体在地表、土壤及附着在架材环境中越冬。春天在适宜的环境条件，病菌释放出分生孢子和子囊孢子，借风、雨及浇水传播蔓延，病菌从伤口侵入或直接侵入，引起植株发病。主要以分生孢子器或子囊壳随病残体在土中，或附在种子、架杆、温室、大棚棚架上越冬。翌年春天，产生子囊孢子和分生孢子通过风雨及灌溉水传播。从气孔、水孔或伤口侵入。种子带菌引致子叶染病。成株由果实蒂部或果柄侵入。在高温高湿的条件下容易发病，这种病害一般发生在结球期，初在外叶或叶球基部出现水浸状斑，随着病情的加重，植株基部也逐渐腐烂成泥状，而且发出恶臭味。
