水稻白叶枯病一般在气温25-30℃，相对湿度85%以上，多雨、日照不足，风速大的气候条件下发生流行。20℃以下，30℃以上，发病就会受到抑制。天气干燥，湿度低于80%，也不利于病菌的繁殖，但在温度稍偏低的情况下，高湿条件对病菌的繁殖却很重要。早稻前、中期，晚稻中、后期，如遇长期阴雨，稻叶上菌脓多，叶面保持潮湿时间长，气温虽偏低到20-22℃，病害仍可流行。台风暴雨的袭击，往往加速病害的扩散，加重病势。
带菌种子、带病稻草和残留田间的病株稻桩是主要初侵染源。李氏禾等田边杂草也能传病。细菌在种子内越冬，播后由叶片水孔、伤口侵入，形成中心病株，病株上分泌带菌的黄色小球，借风雨、露水、灌水、昆虫、人为等因素传播。病菌借灌溉水、风雨传播距离较远，低洼积水、雨涝以及灌漫灌可引起连片发病。晨露未干病田操作造成带菌扩散。高温高湿、多露、台风、暴雨是病害流行条件，稻区长期积水、氮肥过多、生长过旺、土壤酸性都有利于病害发生。
一般中稻发病重晚稻，籼稻重于粳稻。矮秆阔叶品种重于高秆窄叶品种，不耐肥品种重于耐肥品种。水稻在幼穗分化期和孕期易感病。台风保育或洪涝灾害容易造成白叶枯病暴发流行。偏施氮肥，深水灌溉，特别是受淹的情况下发病严重。受淹时间越长，次数越多，发病越重。串灌、漫灌致使病原菌随水流传播，扩大危害。品种之间的抗病差异明显。稻株抗病力一般在分蘖末期开始下降，孕穗、抽穗阶段最易感病。
水稻纹枯病是真菌性病害，病菌的菌核在种植土壤、禾秆病部、杂草等环境中越冬，是形成病害的初步传染源。在春季进行耕种时，大多数成功越冬的菌核都会在水面上漂浮，然后附着在水稻植株上。当自然环境温度较为适宜时，菌核会不断萌发，形成菌丝，侵染水稻，使水稻发病，而在高温、高湿条件下，可导致水稻纹枯病流行性爆发。
初侵染源主要是病草和病谷，细菌经水流传播到秧田，引起秧苗发病。早稻秧苗感染后往往不表现症状，成为带菌苗。晚稻在三四叶期就可表现症状。秧田期淹水，秧苗期淹水，秧苗被感染的机会增多，淹水没顶次数越多，时间越长，秧苗带菌率越高。当带菌苗或显症状的秧苗移栽到大田后，到分蘖末期稻株抗病力降时开始发病，成为中心病株。以后又在病株的病部产生大量的菌脓，借灌水和暴风雨传播，不断进行再侵染，使病害在田间不断扩大蔓延。