在根腐病发生较重的地区，应采用含杀菌剂的种衣剂进行玉米种子包衣处理，或在播种前用杀菌剂拌种。用70%甲基托布津800-1000倍液灌根，或用50%多菌灵、70%甲基托布津500-800倍液加生长调节剂喷浇茎基部，也可用根腐灵300倍或立菌康60g兑水30㎏喷施。对于腐霉菌根腐病，应选择杀卵菌药剂，如58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂、64%杀毒矾可湿性粉剂、绿亨1号拌种剂等药剂以种子重量的0.4%拌种。根腐病容易造成根系变褐、变软、腐烂，植株矮小，叶片发黄，幼苗死亡。防治措施包括增施硫酸钾、氯化钾或含钾复合肥，每亩用纯钾6-7公斤作基肥，多划锄提高地温，加强肥水管理促苗壮，杜绝病株秸秆还田，减少再侵染源。
