甜瓜炭腐病主要发生在根茎部,成株期染病时,近地面的根颈部初呈水渍状,后皮层易开裂或剥离,渗出褐色或咖啡色汁液,导致植株萎蔫。果实染病后,表面干裂,病部干燥时可见黑褐色小粒点,即病菌分生孢子器或微菌核。此病在甜瓜全生育期都可发生,叶片、茎蔓、叶柄和果实均受侵染。幼苗染病时,真叶或子叶上形成近圆形黄褐色至红褐色坏死斑,边缘有时有晕圈,幼茎基部常出现水渍状坏死斑。成株期染病,叶片病斑因品种呈近圆形至不规则形,黄褐色,边缘水渍状,有时亦有晕圈,后期病斑易破裂。茎和叶柄染病,病斑椭圆至长圆形,稍凹陷,浅黄褐色。果实染病,病部凹陷开裂,后期产生粉红色黏稠物,即病菌分生孢子。