在根腐病发生较重的地区，应采用含杀菌剂的种衣剂进行玉米种子包衣处理，或在播种前用杀菌剂拌种。对于镰刀菌和丝核菌引起的根腐病，可以选用75%百菌清可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂、80%代森锰锌可湿性粉剂以种子重量的0.4%拌种，也可以用卫福拌种剂直接拌种。对于腐霉菌根腐病，则应选择杀卵菌药剂，如58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂、64%杀毒矾可湿性粉剂、绿亨1号拌种剂等药剂以种子重量的0.4%拌种。
近年该病上升与部分育种材料抗病性差，耕作栽培条件改变有很大关系。因此，选用抗病自交系，培育抗病杂交种是首要防治措施。引致茎腐病的病原物都是弱寄生菌，保能侵染生长势较弱的植株。加强栽培管理，合理施肥，合理密植，降低土壤湿度等措施可以使植株健壮，减少茎腐病。合理轮作，深翻土地，清除病残和不施用未腐熟的有机肥，可以减少田间菌源，达到一定的防治效果。
发病初期用天达裕丰2000-2500倍+农用抗菌素12072%链霉素3000倍+30%甲霜恶霉灵1000倍喷施基部2-3次。3%中生霉素600-800倍+30%高科甲霜恶霉灵1000倍液喷施基部。合理轮作；发病初使用抗枯宁或宁南霉素来防治。