茄子菌核病的防治方法包括农艺措施和化学措施。农艺上主要采取轮作和地块消毒、选择抗病品种、合理密植等措施。化学防治则主要采用杀真菌类的化学农药。
在播种前，应进行种子处理和苗床处理。发病地块应实行轮作，并加强栽培管理。在病害盛发期，应及时摘除病株，并在收获后清除病残体。在发病初期，可以喷药防治，每隔7-10天喷1次，连续喷2-3次。重病田可视病情发展，必要时增加喷药次数。
高效、低毒、低残留的防治用药包括嘧霉胺、啶酰菌胺、戊唑醇、春雷霉素等喷雾。常规防治用药可选乙烯菌核利、腐霉利、异菌脲等喷雾。具体用药量及倍数，须按照作物病害危害程度及各农药品种使用说明予以确定。
大田处理时，每亩用50％乙烯菌核利干悬浮剂3—5kg，与干土适量充分混匀撒于畦面，然后耙入土中，可减少初侵染源。苗床处理则用50％腐霉利可湿性粉剂或25％乙霉威可湿性粉剂8g／时，加10kg细土播种时下铺1/3上盖2/3。
此外，还可以采用药剂熏蒸防治和病部涂药防治。