西葫芦病毒病在幼苗至成株期均可发病，主要影响叶片和果实。病株上部叶片出现黄绿斑点或斑驳，有的叶片有深绿色疱斑，随后整个叶片呈现花叶状。新叶可能先出现明脉，继而褪绿斑，后期叶片变小变灰，呈鸡爪状。病株矮化，不能结瓜或结瓜小，且表面布满大小不等的瘤状突起。
病毒病的症状主要分为花叶型和黄化皱缩型两种，有时同一病株上两种类型同时出现。花叶型在嫩叶上出现明脉及褪绿斑点，后表现为花叶，严重时顶叶呈鸡爪状。发病早的植株可引起全株萎蔫，不结瓜或果实畸形。黄化皱缩型表现为植株上部叶片沿叶脉失绿，有浓绿色皱纹，继而叶片黄化，皱缩下卷，或出现小叶、蕨叶，植株节间缩短、矮化。病株后期花冠扭曲畸形、色深，雌蕊柱头变短、扭曲，不结瓜或果实小，果面出现暗绿斑点、条斑或凹凸不平的瘤状物，中后期有的病瓜脱落，严重时枯死。
西葫芦病毒病的症状还包括叶片发病后出现淡黄色不明显病斑纹，后变为深淡不均的花叶病斑。有的新生叶沿叶脉出现浓绿色隆起皱纹，或出现叶片变小、裂片、黄化等症状，严重时植株死亡。瓜受病毒危害后，瓜面出现花斑或凹凸不平的瘤状物，瓜畸形。