樱桃的病虫害包括穿孔病、叶斑病、炭疽病、根腐病、银叶病、黄叶病、流胶病、干腐病、根癌病、果腐病、病毒病；以及红颈天牛、吉丁虫、小透羽蛾、桑蚧、草履蚧、金龟子、舟形毛虫、天幕毛虫、刺蛾、桃红蜘蛛、樱桃瘿瘤蚜、果蝇、樱桃叶蜂、木蠹蛾等。大棚栽培后，病虫害显著减少。流胶病由缺钾或者病毒、病菌入侵导致，可通过往流胶处涂抹药物治疗。木腐病会导致病枝上长出白色木耳，可通过往病枝上刷煮熟的食盐水来治疗。黄叶病会使病株叶片边缘发黄，生病后可用硫酸亚铁与除菌农药混合制成的药物喷洒治疗。陕西这边最主要的病害就是流胶病，枝干瘤，根癌病。虫害主要是樱桃果蝇。樱桃果蝇属双翅目昆虫，成虫体长3～4mm，淡黄至黄褐色，主要危害樱桃果实，病害发生首先危害中国樱桃，果蝇转移危害大樱桃，雌虫用产卵器刺破樱桃果皮，将卵产在果皮下，卵孵化后，幼虫由果实表层向果心蛀食，随着幼虫蛀食，果肉逐渐变褐腐烂。一般幼虫在果实内5～6天便发育成老熟幼虫，然后脱离果实化蛹，幼虫脱果后约留1mm蛀孔。
