苹果树腐烂病主要以菌丝体、分生孢子器和子囊壳在病树组织及残体内越冬，病菌可在病部存活4年左右。次年分生孢子器内排出分生孢子，靠雨水飞溅传播，从伤口侵入。病菌以菌丝体、分生孢子器及子囊壳在病皮及病残株枝干中越冬，第2年春遇降水产生分生孢子，其孢子靠雨水和昆虫传播，从死组织伤口、叶痕、果柄痕和皮孔等处侵入。潜伏的病菌主要在夏季树体形成的落皮层组织上扩展，出现表面溃疡，再经冬、春发病盛期，到第2年果树进人生长期病势停顿，发病盛期结东，是苹果树腐烂病的一次发生过程。在春、夏、秋三季均有可能侵染发病，但以每年的5月份和9月份为发病高峰期，病菌孢子会借助风雨继续传播，遇到有伤痕的苹果树，再加上适宜的环境，就会诱发腐烂病，尤其是老果树和生长弱势的苹果树，更容易发病。
