冬瓜种植前，一般要进行种子消毒，主要是清除种子所带病源，主要有立枯病、猝倒病、白粉病、霜霉病、根腐病、青枯病等。每千克种子用绿亨1号(99%恶霉灵)0.5-1克+绿亨2号(多福锌)混合后拌种，可干拌也可湿拌，不可闷种。之后要进行苗床消毒。
枯萎病是冬瓜的主要病害之一，主要危害冬瓜的茎蔓和叶片。发病初期，冬瓜植株下面变黄退绿，到中午时有的叶片会变得有些枯萎。
角斑病也是冬瓜种植时比较常见的病害，会导致冬瓜的茎和叶柄染病。
褐腐病主要危害花和幼瓜。已经开的花染上病就会变成褐色并且腐败。
对冬瓜危害最大的虫害是斜纹夜蛾，其幼虫会吃冬瓜。