木瓜锈病的防治方法主要为选择远离圆柏的地方作为木瓜园，以切断病害的侵染循环；在无法避开转主寄主的条件下，主要靠喷洒药剂保护，通常在木瓜开芽刚现新叶时喷第一次药，约隔10天后再喷一次可获得较好防效。基地选择时，在木瓜园四周4千米范围内不要栽种圆柏，或木瓜园选在远离圆柏的地方，避开其转主寄主，切断侵染循环。秋冬时扫除病落叶，剪除圆柏上的冬孢子角并烧毁，以减少侵染来源。在无法避开转主寄主的条件下，主要靠喷洒药剂保护。在3月中下旬病原将要产生担孢子前，在圆柏上喷施25%粉锈宁可湿性粉剂2500倍液或1:1:160的波尔多液，每10-15天喷施1次，连续3-4次。发病初期喷70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液或25%粉锈宁可湿性粉剂1000倍液。或在木瓜开芽刚现新叶时，喷20%唑酮乳油2000倍液，约隔10天后再喷一次。
