西葫芦软腐病是保护地西葫芦的重要病害，主要危害根茎部及果实，严重时可导致大面积死亡。根茎受害时，髓组织溃烂，湿度大时流出灰褐色黏稠状物，轻碰病株即倒折。果实受害时，幼果先出现褐色水浸状，后迅速软化腐烂如泥，病瓜散出臭味是该病的重要特征。
防治方法包括：实行与葱蒜类蔬菜及水稻轮作，或每667㎡增施石灰100-150千克深翻晒土，落干后整地，采用高畦地膜覆盖栽植，施用腐熟堆肥，及时防除地下害虫、黄守瓜等；禁止大水漫灌，注意通风透光，雨季防止湿气滞留；发病初期喷70%绿得保悬浮剂300倍液。西葫芦软腐病属于细菌性病害，可用噻菌酮防控。
农业防治措施有：播种或移栽前，或收获后，清除田间及四周杂草，集中烧毁或沤肥；深翻地灭茬、晒土，促使病残体分解，减少病源和虫源；育苗营养土选用无菌土，用前晒三周以上；与非本科作物轮作，水旱轮作最佳；选用抗病品种和无病、包衣的种子，如未包衣则种子须用拌种剂或浸种剂灭菌。