西瓜枯萎病自幼苗至成株均可发病，以座瓜期和瓜膨大后期发病最重。幼苗发病时呈立枯状，出苗前可造成烂种；出土后发病，子叶、真叶呈失水状萎蔫，茎基部变褐收缩呈猝倒状，拔出苗子可见根部黄褐色腐烂。定植后，下部叶片枯萎，接着整株叶片全部枯死。茎基部缢缩，出现褐色病斑，有时病部流出琥珀色胶状物，其上生有白色霉层和淡红色粘质物（分生孢子）。茎的维管束褐变，有时出现纵向裂痕。根部褐变，与茎部一同腐烂。在潮湿条件下病株基部布满白色至粉红色霉状物，剖视茎基部至根部，可见维管束变黄褐色。病根根系变暗褐色腐烂，极易拔起。严重时瓜秧枯死，但叶片不脱落。西瓜枯萎病危害之重近年来逐渐表现出来，由于该病潜伏期长，一旦发病既是毁灭性的、不可挽回的、严重的可造成绝收，对瓜农具有致命的打击。
