苦瓜的种植过程中最容易发生的病虫害是枯萎病。西瓜枯萎病菌主要通过根部伤口或根毛顶端细胞间隙侵入，先在寄主管壁细胞间和细胞内生长，然后进入维管束，在导管内发育。病菌分泌果胶酶和纤维素酶，分解破坏细胞，使导管内积累果胶类物质，堵塞导管，影响水分运输，引起植株萎蔫。
防治方法包括：在定植时或定植后和预期病害常发期前，将41%聚砹·嘧霉胺按800倍液稀释进行灌根，每7天用药1次，用药次数视病情而定；将41%聚砹·嘧霉胺按600～800倍液稀释，在播种前或播种后及栽前早十点前或下午五点后苗床浇灌；对病株稀释600～800倍进行灌根，若病原菌同时为害地上部分，应在根部灌药的同时，地上部分同时进行喷雾，每7天左右用药1次。