油菜菌核病在幼苗期会引起猝倒，成株期则表现为叶片、茎秆和花瓣的不同症状。初期茎部出现浅褐色水渍状病斑，叶片和花瓣呈不规则水浸状。发病后期，根部呈轮纹状长条斑，边缘褐色，湿度大时表生白色菌丝，茎内部空心，长有黑色鼠粪状菌核，易折断，病部以上茎枝枯死。叶片形成圆形至不规则形病斑，中间黄褐色，四周浅黄色，花瓣渐变成苍白色后腐烂。
苗期病斑多发生在地面根茎相接处，形成红褐色斑点，后转为白色，组织湿腐，上生白色菌丝，形成不规则黑色菌核，导致幼苗死亡。成株期先在下部叶片发病，病斑圆形或不规则形，暗青色水浸状，中部黄褐色或灰褐色，有同心轮纹。茎上病斑长椭圆形、梭形、长条形，稍凹陷，浅褐色水浸状，后变白色。湿度大时病部软腐，表面生白霉层，后生黑色菌核。后期茎表皮破裂，髓部中空，内生许多黑色鼠粪状菌核。
花瓣染病初期为水浸状，渐变成苍白色后腐烂。角果染病初期为水渍状褐色病斑，后变成灰白色，导致种子瘪瘦无光泽。油菜各生育阶段均可感病，以开花结果期发病最重。病菌能侵染油菜植株地上各部分，尤以茎秆发病后造成的损失最大。