大豆灰斑病主要侵染叶片,也可侵染幼苗、茎、荚和种子,对叶片和籽实危害最为严重。带病种子长出的幼苗的子叶上会出现半圆形或圆形深褐色稍下陷的病斑。在天气干旱时,病斑停止发展;在低温多雨时,病斑会继续蔓延至生长点,导致幼苗枯死。