芝麻螟蛾会危害果荚，可采用敌百虫喷施灭杀；地老虎会危害芝麻根茎，可采用晶体敌百虫拌成毒铒进行诱杀；茎点枯病、枯萎病等会危害芝麻叶片、根茎，可采用波尔多液或多菌灵等药剂进行喷施防治。贯彻“预防为主，综合防控”原则，及时发现及时处理。
选用良种，进行种子处理。农户自留种子应选用无病田或无病株留种，购买种子应注意种子质量，最好播种前用50—55℃温水浸种或25%的多菌灵可湿性粉剂加杀虫剂拌种进行种子处理，对防治由种子带菌传播的芝麻病害防效达85%以上，并兼防地下害虫。
适时播种，合理轮作倒茬。春芝麻播种的最适宜时间是5月10日前后，不宜过早，因气温不稳定，出苗缓慢，出苗率低，若遇寒流袭击，有被冻死的危险。
不同种类的病害，在预防和防治过程中，选择的杀菌剂也会有区别。播前已拌种，能够有效预防一些害虫的危害。如果生长过程中，田间出现害虫，要及时喷药防治。地老虎可使用辛硫磷、溴氰菊酯在傍晚时候喷雾防治；蚜虫可喷施吡虫啉、啶虫脒、噻虫嗪等药剂；甜菜夜蛾可喷施甲维盐、虫酰肼、茚虫威、虱螨脲等药剂。预防为主，可用波尔多液或者多菌灵进行防治。