近年该病上升与部分育种材料抗病性差，耕作栽培条件改变有很大关系。因此，选用抗病自交系，培育抗病杂交种是首要防治措施。引致茎腐病的病原物都是弱寄生菌，保能侵染生长势较弱的植株。加强栽培管理，合理施肥，合理密植，降低土壤湿度等措施可以使植株健壮，减少茎腐病。合理轮作，深翻土地，清除病残和不施用未腐熟的有机肥，可以减少田间菌源，达到一定的防治效果。玉米的茎基腐病，建议播种前用先正达的迈舒平拌种，生长期用苯甲.丙环唑或戊唑醇+噻唑锌治疗。玉米收获后彻底清除田间病株残体，集中烧毁或高温沤肥，减少田间初侵染菌源。在发病初期可用50%速克灵可施性粉剂1500倍液喷根茎。
