低温、高湿或多雨的早春或晚秋有利于该病发生和流行。连年种植葫芦科、茄科及十字花科蔬菜的田块，排水不良的低洼地，或偏施氮肥，或霜害、冻害条件下发病重。黄瓜菌核病的菌核会遗留在土中或混杂在种子中越冬或越夏，当来年气温与环境适宜时，便产生子囊盘和子囊孢子，成为田间的初侵染源。混在种子中的菌核，以气传的分生孢子从寄生的花和衰老叶片侵入，以分生孢子和健康植株接触进行再侵染；以带菌土壤育苗，造成幼苗带菌传播，则是病原菌远距离传播的主要侵染源。
低温、高湿或多雨的早春或晚秋有利于该病发生和流行。连年种植葫芦科、茄科及十字花科蔬菜的田块，排水不良的低洼地，或偏施氮肥，或霜害、冻害条件下发病重。黄瓜菌核病的菌核会遗留在土中或混杂在种子中越冬或越夏，当来年气温与环境适宜时，便产生子囊盘和子囊孢子，成为田间的初侵染源。混在种子中的菌核，以气传的分生孢子从寄生的花和衰老叶片侵入，以分生孢子和健康植株接触进行再侵染；以带菌土壤育苗，造成幼苗带菌传播，则是病原菌远距离传播的主要侵染源。