胡萝卜生产过程中，常面临三大病害威胁：黑斑病、斑点病和软腐病。黑斑病由链格孢菌引起，叶片出现不规则褐色病斑，严重时叶片枯死。该病在高温高湿环境下易发，尤其是在7-8月雨季密集发生。
斑点病主要危害叶片，初期产生黄褐色水渍状小圆斑，后期扩展为近圆形褐色病斑，致叶片变黄枯死。病菌在种子和病残体上越冬，通过雨水溅射传播。温暖多湿的天气利于病害流行，雨水频繁、地势低洼、通风不良地块发病严重。
软腐病为细菌性病害，主要为害肉质根，发病部位软化腐烂，常有恶臭。病菌在病残体及土壤中越冬，翌年通过雨水、灌溉水和昆虫传播。连作、低洼积水、机械伤口多等条件易导致病害发生。防治上需注意：选用抗病品种，合理轮作，及时清除病残体，雨后及时排水，适度控制氮肥。
田间管理时应注意加强通风透光，及早发现并拔除病株。可用50%多菌灵可湿性粉剂或50%扑海因可湿性粉剂防治真菌性病害，防治细菌性软腐病可使用72%农用链霉素或新植霉素。