土壤粘重，通气性差，导致根系厌氧呼吸，形成黑根。主要原因包括：1、地下水位高，长期浸水缺氧，还原作用强烈，有机肥和无机肥在缺氧状态下产生大量硫化氢等还原性物质毒害稻根；2、大量施用未腐熟的有机肥料，在长期淹水缺氧下分解不完全，产生大量还原性中间产物，严重损害稻根；3、过量施用硫酸铵，硫酸根在硫酸还原作用下形成硫化氢等硫化物，导致稻根中毒；4、土壤质地粘重，通透性不良，硫化氢扩散差，黑根增多；5、植株生长不良，如插秧过深，根部周围还原性较强；病株光合作用不正常，对根部输送的氧气和糖分减少，根部氧化力降低，氧化有毒物质的能力下降，易产生黑根。
