西瓜枯萎病在西瓜生长的各个时期都可发病，伸蔓期至开花坐果期是敏感期。幼苗发病时呈立枯状，病株茎蔓上的叶片自基部向前逐渐萎蔫，似缺水状，中午更明显。最初1-2天，早晚尚能恢复正常，数日后，植株萎蔫不再恢复，慢慢枯死。成株期发病，病株生长缓慢，下部叶片发黄，逐渐向上发展。开始白天萎蔫，早晚恢复，数日后全株萎蔫枯死。病蔓基部常有褐色条斑或发生表皮纵裂，并伴有树脂状胶质溢出，茎部维管束变成褐色。潮湿时，茎部呈水浸状腐烂，表面出现白色至粉红色霉状物。
西瓜叶枯病主要危害西瓜的叶部。子叶染病初期多在叶缘生水浸状小点，后变成淡褐色至褐色、圆形或半圆形水浸状病斑，扩展到整片子叶后干枯。真叶染病初期在叶背面叶缘或叶脉间，出现明显的水浸状小点，湿度大时可使叶片失水青枯，湿度小、气温高，易形成2～3mm的圆形至近圆形褐斑布满叶面，后融合为大斑，病部变薄，形成枯叶现象。茎蔓染病，产生梭形或椭圆形稍凹陷斑。果实染病，在果面上出现四周稍隆起的圆形褐色凹陷斑，可逐渐深入果肉引起腐烂。