西葫芦枯萎病病原菌为尖镰孢菌黄瓜专化型，属半知菌亚门真菌。尖镰孢菌黄瓜专化型主要侵染西葫芦、南瓜、黄瓜等。瓜蔓上大型分生孢子梭形或镰刀形，无色透明，两端渐尖，顶细胞圆锥形，有时微呈钩状，基部倒圆锥截形，有足细胞，具横隔0-3个或1-3个，1个隔的大小为（12.5-32.5)微米X(3.75-6.25)微米，2个隔的大小为(21.25-32.5)微米X(5.0-7.5)微米，3个隔的大小为(27.5-45.0)微米X(5.5-10.0)微米。小型分生孢子，多生于气生菌丝中，椭圆形至近梭形、卵形，无色透明，大小为(7.5-20.0)微米X(2.5-5.0)微米。
