西红柿根腐病的防治包括选种优良品种、加强保温预防根系受冻、适期定植、加强肥水管理、药剂防治和土壤消毒处理。发生病害严重时去除病株焚烧掩埋，轻度时喷药防治。可用40％乙膦铝可湿性粉剂200倍液或72.2％普力克水剂400-600倍液浇灌苗床，每平方米苗床用药液量2-3公斤；或在移栽前用72.2％普力克水剂400-600倍液浸苗根，也可于移栽后用72.2％普力克水剂400-600倍液灌根。
适期定植，提高根系活力，主栽的大果型品种以8～9叶苗初现花蕾定植为好，过小不利于开花坐果，过大则影响根系生长，以11月下旬前定植较合理，太迟则在定植后易碰到连续低温，引发根腐病。加强保温，预防根系受冻，大棚番茄越冬除了外棚应用6～8S多功能膜外，在1～2月还要在棚内加盖2层3S的多功能膜并确保晚间的严密覆盖。选用良种和药物防治也是重要措施。