苹果黑星病主要危害叶、叶柄、嫩梢、花、果实、果梗等部位，其中叶片和果实受害最为严重。叶片正背两面出现近圆形病斑，大小不等，表面有烟煤状霉层，即病菌的分生孢子梗及分生孢子。病斑边缘因菌丝在角质层下放射状扩展，呈细碎的冰纹状。严重时，叶片缩小、变厚、扭曲、变黄并早落。果实病斑初为淡黄绿色，圆形，逐渐扩大、凹陷，随果实生长而硬化，表面产生裂纹和烟煤状霉层。幼果染病后发育受阻，常形成畸形果。
叶片染病初期，叶正面产生褐色霉层，后期病斑连片，导致叶片扭曲变形并大量落叶。病斑近圆形或放射状，周围有明显边缘，老叶上更为明显。初期叶上生绿褐色霉层，渐变为褐色至黑色。严重时病斑布满全叶，叶片变小、变厚，枯焦卷曲或扭曲，易早期脱落。叶柄病斑呈长条形，促使早期落叶。
果实从幼果至成熟果均可受害，病斑多发生在肩部或胴部，初为淡黄绿色斑点，渐变褐色至黑色，表面生黑色绒状霉层。随果实生长，病斑凹陷、硬化，常发生星状开裂。深秋受害时，病斑小而密集，黑色或咖啡色，角质层不破裂。花序受害时，花瓣、萼片尖端褪色；花梗被害后呈黑色，导致落花落果。病斑形状不规则，稍凹陷，果肉有苦味，周围有红色晕圈，与苹果痘斑病相似。病斑上长出的小黑点为病菌的分生孢子座或菌丝结。