玉米茎基腐病属于土传病害，主要由禾谷镰刀菌和腐霉菌引起。禾谷镰刀菌以菌丝和分生孢子，腐霉菌以卵孢子在病株残体组织内外、土壤中存活越冬，成为第二年的主要侵染源。带有镰刀菌的植株残体通过子囊壳和子囊孢子，借助气流传播。种子带菌，分生孢子和菌丝体借风雨、灌溉、机械和昆虫进行传播。病菌自伤口或直接侵入根颈、中胚轴和根，使根腐烂。
症状表现为突然青枯萎蔫，整株叶片呈水烫状干枯褪色；果穗下垂，苞叶枯死；茎基部初为水浸状，后逐渐变为淡褐色，手捏有空心感，常导致倒伏。玉米乳熟末期至蜡熟期为显症高峰期，一般从灌浆期至乳熟期开始发病，典型症状表现为：
1.茎叶青枯型：发病时多从下部叶片逐渐向上扩展，呈水泽状而青枯。有的病株出现急性症状，即在乳熟末期或蜡熟期全株急聚青枯，没有明显的由下而上逐渐发展的过程，这种情况在雨天后忽晴天多见。
2.茎基腐烂型：植株根系明显发育不良，根少而短，病株茎基部变软，剖茎检查，髓部空松，根茎基部及地面上1-3节间多出现黑色软腐，遇风易倒折，在潮湿时病部初期出现白色，后期为粉红色霉状物。
3.果穗腐烂型：有的果穗发病后下垂，穗柄变柔软，苞叶青枯、不易剥离，病穗籽粒排列松散，易脱粒，粒色晦暗无光泽。