玉米丝黑穗病是系统性侵染病害，防治方法包括选用抗病品种、轮作倒茬和药剂拌种。具体措施如下：（1）选用高抗品种；（2）农业防治：①轮作倒茬，与高粱、谷子、大豆、甘薯等作物实行3年以上轮作；②翻耕土地及施用净肥，肥料要充分腐熟后再施用，减少土壤病菌来源；③及时清除黑粉瘤，拔除病株，苗期和生长期症状明显时或生长后期病穗未开裂散出黑粉（冬孢子）之前，及时割除发病株并携出田外深埋；3）药剂防治：进行玉米种子包衣，发病后及时拔除病株，并喷施萎锈灵可湿性粉剂或福美双可湿性粉剂等药剂进行防治。此外，调整播期以及提高播种质量，播期适宜并且播种深浅一致，覆土厚薄适宜。清洁田园，处理田间病株残体，同时秋季进行深翻土地，减少病菌来源，从而减轻病害发生。
