玉米丝黑穗病主要是种子带毒，病株残体土壤越冬传播，大田期也可通过雨水，风带入土壤形成越冬孢子传播。在玉米的主生产地，栽培面积大且非常集中，无法倒茬轮作，有的地块连续多年乃至十几年种植玉米，导致田间菌源富集。如果品种具有良好的抗病性，丝黑穗病一般也不会暴发。常常发生春旱地区的农民习惯抢墒早播。正确选用种衣剂能够有效地降低玉米丝黑穗病的为害，防效一般可达80%以上。施用未腐熟的有机肥、发病田中病株未能及时拔除并运至田外销毁等都会造成病原菌的大量积累。此外，种子质量不好、生活力低以及播种过深都会延长出苗时间，从而增加侵染机会。玉米丝黑穗病是一种以土壤传病，在苗期发病的病害，主要是由种子带菌造成的，可用药剂拌种进行预防。
