病菌以厚垣孢子、菌丝体或菌核在土壤中及病残体上越冬，厚垣孢子可在土壤中存活5～10年，是主要侵染源。病菌从根部伤口侵入，发病后在病部产生分生孢子，借雨水或浇水传播蔓延，进行重复侵染。高温高湿利于发病，连作、地势低洼、土壤黏重、地下害虫严重，或施用未腐熟肥料烧伤根系等发病严重。6月中下旬开始发病，7月中旬～8月中旬进入发病盛期。
该病发生情况与甜菜生育状况和环境条件关系密切，在田间生育不良的根、畸形根、虫伤根、人为造成的伤根均有利于病菌侵入。7～8月雨多、土壤水分过大，或土壤过干，都易诱发该病。低洼地块，春季土壤温度低，甜菜生长缓慢，植株根系的细胞渗透压在低温中影响水分通过，造成细胞原生质被破坏，根系生长缓慢或停滞或损伤，而导致发病。品种间有明显抗病差异。细菌引起的尾腐根腐病伤口多、雨水多、排水不良地块发病重。