绵疫病和绵腐病是两种不同的病害，它们均由真菌引起，且发病机制相似。绵疫病的病菌以卵孢子或厚垣孢子在田间越冬，成为第二年的初侵染源。病菌通过雨水溅到近地面的果实上，萌发侵入果实发病，病部产生孢子囊，游动孢子通过雨水、灌溉水传播再侵染。该病主要为害果实，特别是下部老果，初期出现水渍状斑点，逐渐扩大，在果顶部或肩部出现表面光滑的斑点，颜色为淡褐色，随着病害加重逐步变为深褐色，湿度大时在最底中间位置时常伴有少许白色霉状物出现，最后干缩成僵果，不软化并保持原形，病果容易脱落。
绵腐病由真菌鞭毛亚门瓜果腐霉菌侵染引起。病菌以卵孢子或菌丝体在土壤表层越冬，游动孢子通过雨水或田间浇水反溅到下部的果实上，从而引起发病。番茄绵腐病发病症状幼苗期引起猝倒，成株期为害果实。多近地面果实易发病，裂果的成熟果实发病重。