合理轮作，实行两年以上轮作。选用抗病品种，无病土育苗，播种前用新高脂膜拌种能驱避地下病虫，隔离病毒感染，提高种子发芽率；并及时清除前茬作物病残体。栽培管理，在定植、中耕、除草等各种操作过程中应避免在植株上造成伤口，防止病菌借伤口侵入。药剂防治，发现病株及时清除，并撒入石灰等消毒，并配合喷施72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂或者叶枯唑、乙蒜素等喷雾防治。还可用一些叶面肥，给其补充营养。
芹菜软腐病又叫芹菜腐烂病，主要发生在叶柄基部或茎上，一般先从柔嫩多汁的叶柄组织开始发病，发病初期叶柄基部出现水渍状纺锤形或不规则形凹陷病斑，以后病斑呈黄褐色或黑褐色腐烂并发臭，干燥后呈黑褐色，最后只剩维管束，严重时生长点烂掉，甚至全株枯死。苗期主要表现是心叶腐烂坏死，呈“烧心”状。一般在生长中后期封垄遮荫、地面潮湿的情况下易发病。病菌主要在土壤中越冬，通过昆虫、雨水或灌溉水等从伤口侵入，发病后可通过雨水或灌溉水传播蔓延。