西红柿为深根性作物，根系由主根和侧根构成，起固定植株和供给地上部水分和营养的作用。番茄根系发达，分布广而深，且根的再生能力强，具有半耐旱作物的特征。番茄的茎在丰产形态下节间较短，茎上下部粗度相似。徒长株节间过长，茎由下至上逐渐变粗；老化株则相反，节间过短，由下至上逐渐变细。番茄的茎为半蔓性，少数品种为直立性。幼苗期组织柔嫩多汁，随着生长，茎逐渐强壮而木质化，栽培上需搭架。植株初期直立生长，随植株长高、叶片增多、果实膨大，易倒伏，因此需立支架或吊蔓。番茄茎的分枝能力强，每个叶腋都可长出侧枝，花序下第1侧枝生长最快。生产中进行多干整枝或换头生长时应留花序下的第1侧枝。不整枝时，番茄能形成枝叶繁茂的株丛，但大量侧枝会消耗养分，影响果实形成和膨大，生产中必须适时摘除侧枝。
