病原菌以卵孢子混杂在土壤中、粪肥里或粘附在种子表面越冬。卵孢子在土壤中可存活2～3年。用混有病株的谷草饲喂牲畜，排出的粪便中仍有多数存活的卵孢子。土壤带菌是主要越冬菌源，其次是带菌厩肥和带菌种子。谷子发芽时，卵孢子萌芽产生芽管，从胚芽鞘、中胚轴或幼根表皮直接侵入，蔓延到生长点，随生长点分化而系统侵染，进入各层叶片和花序，表现各种症状。谷子芽长3厘米以前最易被侵染。灰背时期孢子囊和游动孢子借气流和雨水传播，进行再侵染，形成灰背和局部黄斑症状。孢子囊进入顶叶，也可形成白发症状。低温潮湿土壤中种子萌发和幼苗出土速度慢，容易发病。土壤墒情差，播种深或土壤温度低时，病害发生重。
