种子处理，深翻倒茬，及时排除积水，用甲霜恶霉灵灌根等。一是选择抗病品种；二是加强田间管理，及时深耕、中耕培土、排水；三是适时播种，实行轮作；四是种子播种前用甲霜灵粉剂或多菌灵和50%福美双混合拌种；五是在发病初期，喷洒或浇灌25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液，或58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液。在种植时要追施有机肥补充微量元素，每亩施入腐熟的农家肥2000公斤作为基肥，土壤有机质含量较差还可施入生物菌肥100-200公斤。还可以杀毒剂对于土壤进行消毒灭菌。播种时对于大豆进行包衣拌种，也是预防根腐病最为关键的措施，实践证明，凡是经过拌种处理后的植株，根腐病发生率大大降低。对于已经发生根腐病的幼苗可用杀菌剂防治，常用药剂有镰刀菌、腐霉菌和疫霉菌三种，防治效果极好。防治方法包括深翻土壤，加速病残体的腐烂分解，深沟高畦栽培，雨停不积水，提倡轮作，最好水旱轮作；使用的有机肥要充分腐熟，并不得混有上茬本作物残体及腐烂物；选用抗病、包衣的种子，合理密植，及时去除病枝、病叶、病株，并带出田外烧毁，病穴施药或生石灰；地膜覆盖栽培，适当增施磷钾肥。
