小麦病害有小麦条锈病、叶锈病、秆锈病、腥黑穗病、散黑穗病、黄矮病、红矮病、全蚀病、赤霉病、叶斑病、白粉病、根腐病、纹枯病等。常见虫害有蚜虫、吸浆虫、红蜘蛛、麦种蝇、叶蝉、蛴螬、金针虫、蝼蛄、麦叶蜂、麦秆蝇等，中后期需进行一喷三防。
小麦白粉病：选择抗病性较强的品种进行种植，在种植时先将土壤进行深翻消毒，以减少菌源；发病初期用粉锈宁等药物进行喷洒，同时要将病叶及时摘除。
小麦锈病：种植时对土壤进行深翻消毒，发病初期用戊唑醇、烯唑醇等药物进行喷洒，病情严重时还要对麦田的周围喷洒药液，以防止病害蔓延。