西瓜蔓枯病是栽培中的主要障碍，一旦发生危害，基本没有什么好的防治措施。发病前可用70%甲基托布津可湿性粉剂800倍加80%代森锰锌600倍液或75%百菌清可湿性粉剂喷雾。发病初期可用60%醚唑代森联50-100克兑水45-75公斤喷雾，或氟茵.戊唑醇，或嘧菌.百菌清，或苯甲.嘧菌酯，或啶氧菌酯，每5-7天喷一次，连喷2-3次。也可用40%氟硅唑乳油3000-5000倍液+65%代森锌可湿性粉剂600倍液喷雾，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500倍液喷施，7-10天喷1次，连喷2-3次。对发病较重的植株，先用刀刮去腐烂组织，再用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂50倍液或40%氟硅唑乳油100倍液，用毛笔蘸药涂抹茎部病斑，可较好地控制西瓜蔓枯病的发生。
