幼苗出土前造成烂子和烂芽。幼苗出土后，在幼茎基部靠近地面处发生褐色凹陷的病斑，逐渐扩展为黑褐色，最终缢缩切断水分和养分供应，导致子叶垂萎，幼苗枯倒。立枯病的初次侵染主要来自土壤，带菌种子也可传播。棉苗出土前，立枯丝核菌侵染幼根和幼芽，造成烂种和烂芽。棉苗子叶期最易感病，若土壤温度持续在15℃以下，或遇寒流、低温多雨，立枯病会严重发生，造成大片死苗。收花前低温多雨时，病菌可侵入棉铃并感染种子，成为下一年的侵染来源。多雨年份，现蕾开花期的棉株也可能发病，茎基部出现黑褐色病斑，表皮腐烂后露出木质纤维，严重时折断而死，发病部位有时成瘤状。播种过早、气温偏低、萌发出苗慢、多年连作、地势低洼、排水不良及土壤黏重均会加重病情。棉苗出土后受害，初期在近土面基部产生黄褐色病斑，逐渐扩展包围整个基部并缢缩，病苗萎蔫倒伏枯死。拔起病苗，茎基部以下皮层遗留土壤中，仅存尖细的鼠尾状木质部。子叶受害后，中部产生黄褐色不规则病斑，常脱落穿孔。此病常导致棉苗成片死亡，病苗、死苗的茎基部及周围土面常见白色稀疏菌丝体。棉花立枯病发生在苗期，地面交接处上方产生环状病斑。
