苗期虫害主要以地老虎、苗蚜危害最重要。蕾铃期害虫主要有棉铃虫、红铃虫、盲椿象、棉蚜、玉米螟、美洲斑潜蝇、棉蓟马、造桥虫、金刚钻、象鼻虫、烟粉虱、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等。此外，地下虫害还有金针虫、金龟子、蝼蛄等。棉花的病虫害包括棉花枯萎病和棉花黄萎病。
