油菜根肿病的发生原因首先是病原菌在土壤中越冬、越夏，而且病原菌生命力极强，可以在土壤中存活10年以上，病害区长期连作，给病菌繁殖提供了有利条件。其次，长期施化学肥料、化学农药等，且未对土壤进行改良，造成土壤酸化严重。三是气候变化，近年油菜移栽后气温偏高，加上土壤湿度大，特别是一些田块地势低洼以及水改旱田后发病重。
发病条件包括土壤温湿度、土壤酸碱度、土质类型和肥料使用情况。该菌在温湿度6-30℃范围内病害不会发生；田间水量在50%-98%的范围内均可发病，田间水量若低于45%病菌易死亡。该菌适于酸性土质环境，若用工业用水灌溉会造成病害发生与流行(因工业水含酸量高)。黏土地是根肿病发病的土质源。土地大量使用酸性肥料，地下害虫危害及人工操作伤害菜的根部等因素均可发生病害。