在东北购买的玉米种子应存放在干燥、通风、避光且防鼠的仓房里。冬季由于气候条件适宜，合格种子水分达标，一般干燥通风库房即可。然而，在黄淮海区，由于水分要求不同（需在13%以下），需特别注意防止高温导致种子发酶。
玉米种子的贮藏方法主要有两种：粒藏法和穗藏法。粒藏法即将脱粒后的玉米入仓贮藏，这种方法仓容利用率高，若仓库密闭性能好，种子在低温干燥条件下可长期保持生活力。穗藏法适用于相对湿度低于80%的地区，其优点是新收获的玉米果穗，穗轴内的营养物质可以继续运送到籽粒内，使种子充分成熟，并在穗上继续进行后熟。