该病属于真菌病害，病菌在土壤中越冬，可在土中腐生2至3年，通过水流、农具传播。病菌发育适温24摄氏度，播种过密、间苗不及时、温度过高易发病。病菌以菌丝体、菌核在土壤中、病残组织上越冬，腐生性较强，在土壤中可腐生存活2-3年，从伤口、表皮直接侵入幼茎，引起根部发病。病菌借雨水、灌溉水传播，幼苗生长衰弱、徒长、受伤易受病菌侵染。当床温在20-25℃时，湿度越大发病越重。温暖潮湿，播种过密，浇水过多，造成床内闷湿的环境极易发病。
黄瓜立枯病发生在幼苗时期，一般体现在育苗中后期，黄瓜茎部和根部。发病初期根茎部有淡褐色病斑，后期为深褐色。早期白天萎蔫，茎基部变淡褐色，呈水渍状，夜间恢复。如此反复多日后，病苗枯死。发病部位向里面凹陷，待瓜苗死亡后，瓜株并不见倒，病害进行缓慢，这是与黄瓜猝倒病的区别之处。