茄子枯萎病病菌以厚垣孢子或菌丝体随病株残体在土壤、未腐熟肥料中越冬，亦可附着在种子、棚室支架上越冬。翌年条件适宜时病菌萌发生长，产生分生孢子，随土壤、种子、肥料、灌溉水等传播。病菌从幼根或伤口侵入，在细胞间隙和细胞内生长，继而进入维管束，堵塞导管，并产出有毒物质镰刀菌素，随输导组织扩展，致使维管束变褐，失去输导功能，导致病株叶片黄枯而死。
病菌通过雨水、灌溉水和农田操作等传播进行再侵染。条件适宜时，厚垣孢子萌发的芽管从根部伤口、自然裂口或根冠侵入，也可从茎基部的裂口侵入。病菌喜温暖、潮湿的环境，发病最适宜的条件为土温为24～28℃，土壤含水量20～30%。浙江及长江中下游地区茄子枯萎病主要发病盛期在5～7月和9～10月。茄子的感病生育期为开花座果期。