引起萝卜肉质根黑心的主要原因是根组织缺氧所致。萝卜田如大量施用未腐熟或腐熟不好的有机肥，尤其是圈粪，使土壤中微生物活动旺盛，消耗氧气过多，易造成根部窒息，部分组织会因缺氧而发生黑皮或黑心。萝卜地长期湿度过大，或雨后一定时间地面积水，也易造成根部窒息导致缺氧而发生黑皮或黑心。贮藏萝卜时。如窖内存放萝卜过多，而又没有及时通凤换气。因萝卜呼吸也会耗氧而造成窖内缺氧，诱发和加重黑心现象。
萝卜发生黑皮和黑心的主要原因有以下三个种：一是土壤缺硼;二是土壤积水板结缺氧;三是黑腐病菌侵染而发生细菌性病害。田间出现该症状，除了有病原菌存在外，还与不当的田间管理及施用未腐熟的有机肥有关。由于田间大量施用未腐熟的有机肥，致使土壤好气性微生物活跃，耗氧量大，造成根系组织呼吸受阻。
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