选用抗病品种为最基本的防治措施。合理轮作，清除田间残枝病叶。利用杀真菌药剂处理种子，例如用拌种双、多菌灵或福美双的种衣剂拌种。在开花结荚初期可喷洒多菌灵、甲基托布津等杀菌剂。大豆紫斑病的发生受气候条件、大豆成熟期和品种抗性的影响，如大豆在开花期和结荚期天气多雨、气温偏高，则连作地和早熟品种发病重；低洼地比高岗地发病重；过于密植，通风透光不良块发病亦重。抗病性差的品种发病率较高。晚熟大豆品种紫斑病发生很轻或不发病，可能是因为避开了病害发生的有利时期。
选用抗病品种为最基本的防治措施。合理轮作，清除田间残枝病叶。利用杀真菌药剂处理种子，例如用拌种双、多菌灵或福美双的种衣剂拌种。在开花结荚初期可喷洒多菌灵、甲基托布津等杀菌剂。大豆紫斑病的发生受气候条件、大豆成熟期和品种抗性的影响，如大豆在开花期和结荚期天气多雨、气温偏高，则连作地和早熟品种发病重；低洼地比高岗地发病重；过于密植，通风透光不良块发病亦重。抗病性差的品种发病率较高。晚熟大豆品种紫斑病发生很轻或不发病，可能是因为避开了病害发生的有利时期。