初次浸染主要来自种薯表面或种薯内部带菌，种植后种薯腐烂并释放大量的细菌到土壤里。细菌在土壤里存活时间短，可通过土壤和水分短距离移动并侵染附近寄主茎部和正在发育的子薯。在生长季节里，细菌可在寄主或某些杂草的根际增值、宿存。收获后细菌在土壤中的残株或贮藏期带病块茎上越冬。切割种薯和机械操作及昆虫危害所造成的伤口是主要传染媒介。
马铃薯菌核病是由山核盘菌引起的，在整个生育期都可发生，叶、茎部位均可被侵染。随着病部的扩大和菌丝的生长，几天后形成鼠粪状至球形菌核。发病严重时植株侧枝或整枝枯死。充足的菌源、适宜的气候、品种不抗病、夹套复种面积大等都是传播源。真菌危害，土壤带菌。空气湿度大，温度20℃左右多发。病菌以菌丝体或厚垣孢子随病残体在土壤中或在带菌的病薯上越冬。翌年病部产生的分生孢子借雨水或灌溉水传播，从伤口侵入。主要有带菌的种子、秧苗、土壤、病株残体、农事操作和工具等。