该病以病茎、种子或病残体上的菌丝体和厚垣孢子及菌核,在土壤和未腐熟的带菌有机肥中越冬,成为翌年初侵染源。西瓜果斑病菌主要在种子和土壤表面的病残体上越冬,通过伤口和气孔侵染,远距离传播靠带菌种子,种子表面和种胚均可带菌。